Í Norðurþingi eru þrír heildstæðir grunnskólar, Borgarhólsskóli á Húsavík, Öxarfjarðarskóli og Grunnskólinn á Raufarhöfn fyrir nemendur í 1.-10. bekk.
Borgarhólsskóli varð til við sameiningu Barnaskóla Húsavíkur og unglingadeilda Framhaldsskóla Húsavíkur árið 1992 og er nemendafjöldi ríflega 300. Nemendum 1.- 4. bekkjar og fötluðum nemendum gefst kostur á dvöl í Skólaseli eftir að skóladegi lýkur sem staðsett er í skólahúsi Borgarhólsskóla.
Á Raufarhöfn eru grunnskólinn og leikskólinn reknir sem ein stofnun. Á leikskólanum er um 10 nemendur og í grunnskólanum eru um 30 nemendur í 1. – 10. bekk. Samkennsla er á öllum stigum og einkennist starfið af sveigjanleika og samvinnu með vellíðan nemenda og starfsfólks að leiðarljósi.
Öxarfjarðarskóli er samrekinn grunn- og leikskóli fyrir skólasamfélagið sem nær frá Kelduhverfi til Kópaskers. Tvær leikskóladeildir starfa innan skólans, önnur er staðsett á Kópaskeri en hin í Lundi þar sem grunnskólinn er til húsa. Nemendur við Öxarfjarðarskóla eru um 60 talsins, þar af um 20 leikskólabörn.
Skóladagurinn hefst kl. 8:10 en skóladagur nemenda er mislangur sbr. aðalnámskrá grunnskóla. Mötuneyti eru starfrækt í öllum skólunum.
Að auki kemur Norðurþing að rekstri Hafralækjarskóla ásamt Þingeyjarsveit.
